英伟达联合DeepMind开放2800种病毒蛋白结构数据

IT时代网9月26日消息，英伟达联合谷歌DeepMind、欧洲分子生物学实验室欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）等机构，公开发布逾2800种病毒的蛋白质复合物预测三维结构，任何地区的科研人员均可通过AlphaFold数据库免费获取，为应对未来可能的疫情储备结构生物学知识。

数据集中的结构由AlphaFold2模型推断生成，并经英伟达BioNeMo推理运行时优化，将推理规模扩展到数千个病毒蛋白质组，预测每个病毒编码的相互作用蛋白复合物。约30%的蛋白相互作用属于科学界首次记录，展现了此前未被实验数据收录的相互作用形态。团队系统梳理了已知感染人类的病毒家族的蛋白结构，范围从普通感冒病毒到猴痘等新发威胁。

除数据集外，英伟达同时开源了用于生成该数据集的GPU加速工作流BioNeMo结构预测流程，研究者可对自有目标蛋白完成从序列到三维结构预测的全流程。传统晶体衍射方法测定一个蛋白结构动辄数年、单个结构成本数千美元，而优化后的AlphaFold2数分钟即可完成一次预测并支持批量运行，科研人员再通过实验方法验证高置信度结果。此次合作还涵盖流行病防范创新联盟、首尔大学、成均馆大学、瑞士生物信息学研究所与格拉斯哥大学等机构。

编辑：林一舟