苹果发布SimpleDesign蛋白质设计AI模型

IT时代网9月12日消息，苹果研究人员本月初公布名为SimpleDesign的蛋白质设计模型，论文以预印本形式发布在arxiv。该模型能联合生成蛋白质的氨基酸序列与三维结构，采用在原始数据上端到端训练的方式，省去传统多阶段流程中的中间表示转换。

研究延续了苹果SimpleFold项目思路。SimpleFold通过流匹配模型根据氨基酸序列直接预测三维结构，SimpleDesign将这一简化架构扩展至蛋白质设计，不仅预测结构，还尝试同时生成可形成该结构的氨基酸序列。团队使用超200万组序列与结构配对数据训练，通过随机遮盖序列并向结构加噪，让模型学习折叠、逆折叠与协同设计等任务。

基准测试中SimpleDesign在蛋白质联合设计、结构生成与序列生成上表现具竞争力，生成的氨基酸序列质量与多数多模态模型相当或更好。不过论文目前仅报告计算机评估结果，尚未通过实验验证生成蛋白质能否实际折叠与发挥功能。

编辑：林一舟